Punia garsėja savo istorine praeitimi. Pirmą kartą miestelis paminėtas kryžiuočių ordino kronikose. XII a. pabaigoje ant Punios piliakalnio stovėjo garsioji Pilėnų pilis, kurios gynėjai, nenorėdami pasiduoti kryžiuočiams, sutikę verčiau susideginti. Archeologai ištyrė piliakalnį ir nustatė, kad XII-XIV a. ant jo stovėjusi medinė pilis, kuri buvo sudeginta. Pasakojama, kad 1336 m. kryžiuočiai apgulę pilėnių pilį, kelias dienas ir naktis ją puldinėję. Kryžiuočiams pavykę pralaužti pilies užtvaras. Apgulti lietuviai (jų buvę apie 4000), vadovaujami Margirio, matydami negalėsią puolikams atsispirti, ryžosi nepaprastam žygiui; pilies viduje sukūrė laužą, į jį sumetė visą savo turtą; laužo liepsnoms pirmiausia atidavė moteris ir vaikus, paskui patys kovotojai žudėsi ir pasilaidojo save liepsnose. Margiris vienas iš paskutiniųjų užšoko ant laužo, perskrodęs sau krūtinę kalaviju. Kai džiūgaudami kryžiuočiai įsiveržė į pilį grobti daiktų ir žmonių, pro dūmus esą išrydo tik seną vaidilutę, žengiančią į liepsnojantį laužą.

Punia priskiriama prie 14 ankstyvųjų Lietuvos Didžiosios kunigaikštystės miestų, beveik 400 metų turėjusių Magdeburgo teises. 1503 m. Karalius Aleksandras Puniai suteikė Magdeburgo miesto teises. Klebonui - teisę laikyti dvi karčemas, nenurodydamas kokius svaigalus gali pardavinėti. Už gautas pajamas klebonas turėjo mokėti dvi kapas grašių, tai laikais tai buvo dideli pinigai. Magdeburgo privilegiją Punios miestelis gavo 1791 m., ją pasirašė valdovas Stanislovas Augustas, todėl neatsitikinai miestelio herbe pavaizduotas Šv. Stanislovas, prikeliantis iš rudo kapo rudaplaukį Piotroviną. 1998 m. rugpjūčio 4 d. Prezidento dekretu buvo patvirtintas atkurtas Punios istorinis herbas.18 am. pabaigoje Punioje pastatyta rotušė, miestelio žemėlapyje užfiksuotas gatvių planas išliko iki mūsų dienų.

Vadovaujantis Lietuvos Respublikos įstatymu “Dėl miestų herbų tvirtinimo" ir atsižvelgdamas į Lietuvos heraldikos komisijos išvadą, Respublikos Prezidentas Valdas Adamkus 1998 m. rugpjūčio 4 d. patvirtino Punios herbą.

Iš Lietuvos heraldikos komisijos išvados:

Istoriniai duomenys. Literatūroje vyrauja nuomonė, kad Punia Magdeburgo teises įgavo XVI a. pradžioje arba 1551 m., kurias vėliau patvirtino kiti valdovai. Lietuvos Metrikoje, kur išliko net ne tokie svarbūs aktai, Punios privelegijos nėra. O iš 1597 m. Zigmanto Vazos privelegijos (ja dažniausiai naudojosi tyrinėtojai), kuria patvirtinta 1593 m. Onos Jogailaitės privelegija, o ši, savo ruožtu, tvirtino karalienės Bonos bei Aleksandro ir Kazimiero duotas teises, sužinome, kad Puniai buvo leista turėti miesto vaitą ir iš dalies apribotos Punios laikytojo teisės. Pastarasis privalėjo nagrinėti miestelėnų bylas kartu su vaitu ir “miesto įstaiga, tikriausiai prie vaito buvusiais suolininkais”.

Punios vaito institucija po kiek laiko sunyko. Ją miestelėnų prašomi 1639 m. atgaivino Punios laikytojai – Smolensko vaivada Aleksandras Korvinas Gosievskis ir jo žmona Ieva Pacaitė Gosievskienė. Jų raštą 1639 m. balandžio 30 d. Vilniuje patvirtino valdovas Vladislovas Vaza. Pagal jį, Punios miestelėnams leista išsirinkti iš savo tarpo keturis pasiturinčius, mokančius skaityti ir rašyti kandidatus, iš kurių tinkamiausią vaitu turėjo tvirtinti Punios laikytojas. Be vaito rinkimų teisės, 1639 m. atgaivinta Punios vaito institucija daugiau teisių negavo. Vaitas ir toliau liko nepriklausomas nuo dvaro, nes jis “be Punios paseniūnio negalėjo nagrinėti teismo bylų”, taip pat su juo turėjo tartis ir dėl kitų miestelio tvarkymo reikalų.

Taigi XVI-XVII a. apie Magdeburgo miesto teises Punioje negalėjo būti ir kalbos. Geriausiu atveju to meto Punios miestelio teisinę padėtį galima apibūdinti mažąja savivalda. Panašių privelegijų turėjo ir kiti prie valdovo pilių įsikūrę miesteliai, pavyzdžiui, Mileičičės, iš pradžių net Mogiliovas. Kadangi XVI-XVII a. Punios miestelio reikalus tvarkė ne magistras, bet vaitas ir dar kartu su dvaro administracija, tai negalėjo būti ir Punios miesto herbo, net antspaudo. O Punios vaitų antspaudai, jei tokie buvo, tebėra nesurasti.

Realiai savivaldą arba laisvojo miesto teises Punia gavo XVIII a. pabaigoje. Privelegijos originalas, kurį 1791 m. lapkričio 10 d. pasirašė valdovas Stanislovas Augustas, saugomas Lietuvos mokslų akademijos bibliotekos rankraščių skyriuje. Už jį Punios miestiečiai sumokėjo 19 raudonųjų auksinų (342 lenkiškus auksinus), iš jų vieną raudonąjį auksiną (18 lenkiškų auksinų) už herbo nupiešimą. Tuomet Punios privelegija buvo įrašyta į Lietuvos Metriką, perpieštas herbas. Ji dabar saugoma Rusijos valstybiniame senųjų aktų archyve Maskvoje. Privelegijoje, apibūdinant miesto simboliką, rašoma: “Kad tas miestas, antspauduodamas tiek teismo, tiek miesto valdymo reikalų išrašus ir oficialius raštus, patirtų tikrą garbę, suteikiame jam tokį herbą, kaip čia matyti nupieštas, tai yra dešinėje pusėje Krokuvos vyskupo švento Stanislovo atvaizdas, o kairėje pusėje žirgo pasaga su į viršų kylančia strėle, šį herbą leidžiame tam miestui naudoti antspauduose ir visokiuose ženkluose”. Šv. Stanislovas Punios herbe reiškė savivaldos teisių suteikėją – valdovą Stanislovą Augustą, pasaga su strėle – pasiskolinta iš bajoriškosios heraldikos, tik neaišku, su kuriuo asmeniu šiuos simbolius susieti. 1792 m. viduryje, kai krašte nugalėjo Rusijos palaikomi Targovicos konfederatai, Punios savivalda buvo panaikinta. Miestiečiai teisių neatgavo, nors dar kelerius metus kovojo dėl jų su seniūnu Mykolu Brzostovskiu.

Pirmą kartą pagal 1791 m. privelegijos duomenis dailininko Agniaus Tarabildos atkurtą Punios herbą 1989 m. patvirtino Lietuvos heraldikos komisija. Teikiant jį tvirtinti Lietuvos Respublikos Prezidentui, patikslintas metalų ir spalvų vaizdavimas. Iš naujo A.Tarabildos pataisytą Punios istorinio herbo etaloną komisija aprobavo 1998 m. liepos 16 d.

Herbo aprašymas. Skydas perskeltas į du laukus. Priekiniame sidabriniame lauke vaizduojamas Šv. Stanislovas, prikeliantis iš rudo kapo rudaplaukį Piotroviną. Vyskupo kapa ir mitra raudonos, nimbas, pastoralo spiralė ir gumbas, kapos ir mitros kraštai auksiniai. Abiejų figūrų marškiniai, vyskupo apykaklė, pastoralo lazda sidabriniai. Kūnai natūralios spalvos. Užpakaliniame mėlyname lauke sidabrinė pasaga galais į viršų, iš jos kyla sidabrinė strėlė su raudona plunksna.

Lietuvos heraldikos komisija prie Respublikos Prezidento. Vilnius. 1998 m. liepos 27 d. Komisijos pirmininkas Edmundas Rimša.